História completa
Quando Peter Parker é criança, alguém revira o escritório do pai, Richard. Assustados, Richard e Mary deixam o menino com os tios, May e Ben, e somem. Anos depois, Peter é um estudante tímido e brilhante no colégio Midtown Science, apaixonado em silêncio pela colega Gwen Stacy. No porão de casa, ele encontra a velha pasta do pai e descobre que Richard trabalhava na Oscorp com o Dr. Curt Connors, em pesquisas que misturavam o DNA de espécies diferentes.
Peter entra escondido na Oscorp e se apresenta a Connors, um cientista sem o braço direito que sonha em fazer membros crescerem de novo como os lagartos. Numa sala restrita, uma aranha modificada pica Peter. No dia seguinte, ele está mais forte, mais rápido e gruda nas paredes. Peter entrega a Connors a fórmula que faltava, escondida nas anotações do pai.
Em casa, Peter briga feio com o tio Ben e sai batendo a porta. Ben vai atrás dele pela rua e leva um tiro de um ladrão que Peter tinha deixado escapar minutos antes. Movido pela culpa e pela raiva, Peter começa a caçar criminosos parecidos com o assassino. Cria a máscara, o uniforme e lançadores de teia mecânicos, e vira o Homem-Aranha. Num jantar na casa dos Stacy, ele descobre que o pai de Gwen é o capitão George Stacy, que trata o herói mascarado como bandido. Peter conta a verdade a Gwen, e os dois ficam juntos.
Pressionado pela Oscorp, que quer testes em humanos, Connors testa o soro em si mesmo. O braço cresce de volta, mas ele vira o Lagarto, uma criatura gigante que causa um desastre na ponte Williamsburg. O Homem-Aranha salva as pessoas, inclusive um garoto preso num carro. Connors descobre quem é Peter e o ataca na escola. Nos esgotos, Peter descobre o plano: espalhar uma nuvem química do alto da torre da Oscorp para transformar toda Nova York em lagartos.
A polícia encurrala Peter e o capitão Stacy vê o rosto dele, mas deixa o rapaz seguir. Gwen prepara o antídoto na Oscorp. No topo da torre, o capitão enfrenta o Lagarto enquanto Peter troca a nuvem pelo antídoto, curando Connors e todos os afetados. Ferido de morte, o capitão Stacy pede a Peter que fique longe de Gwen para protegê-la. Peter tenta cumprir, mas na última cena dá a entender a Gwen que não vai conseguir. Depois dos créditos, um homem misterioso visita Connors na prisão e pergunta se Peter sabe a verdade sobre o pai. Connors diz que não. Isso volta mais tarde.