Historia completa
Cuando Peter Parker es niño, alguien saquea la oficina de su padre, Richard. Asustados, Richard y Mary dejan al niño con sus tíos, May y Ben, y desaparecen. Años después, Peter es un estudiante tímido y brillante en la secundaria Midtown Science, enamorado en silencio de su compañera Gwen Stacy. En el sótano de su casa encuentra el viejo maletín de su padre y descubre que Richard trabajaba en Oscorp con el Dr. Curt Connors, en investigaciones que mezclaban el ADN de distintas especies.
Peter entra a escondidas a Oscorp y se presenta ante Connors, un científico sin el brazo derecho que sueña con regenerar miembros como los lagartos. En una sala restringida, una araña modificada lo pica. Al día siguiente está más fuerte, más rápido y se pega a las paredes. Peter le da a Connors la fórmula que faltaba, escondida en las notas de su padre.
En casa, Peter discute fuerte con el tío Ben y se va dando un portazo. Ben sale a buscarlo y recibe un disparo de un ladrón que Peter había dejado escapar minutos antes. Movido por la culpa y la rabia, Peter empieza a cazar criminales parecidos al asesino. Crea la máscara, el traje y lanzaredes mecánicos, y se convierte en Spider-Man. En una cena en casa de los Stacy descubre que el padre de Gwen es el capitán George Stacy, que trata al héroe enmascarado como un criminal. Peter le cuenta la verdad a Gwen, y los dos se vuelven pareja.
Presionado por Oscorp, que quiere pruebas en humanos, Connors se inyecta el suero. El brazo le vuelve a crecer, pero se convierte en el Lagarto, una criatura gigante que provoca un desastre en el puente Williamsburg. Spider-Man salva a la gente, incluido un niño atrapado en un auto. Connors descubre quién es Peter y lo ataca en la escuela. En las cloacas, Peter descubre el plan: soltar una nube química desde la torre de Oscorp para convertir a todo Nueva York en lagartos.
La policía acorrala a Peter y el capitán Stacy ve su rostro, pero lo deja seguir. Gwen prepara el antídoto en Oscorp. En la cima de la torre, el capitán enfrenta al Lagarto mientras Peter cambia la nube por el antídoto, curando a Connors y a todos los afectados. Herido de muerte, el capitán Stacy le pide a Peter que se aleje de Gwen para protegerla. Peter lo intenta, pero en la última escena le da a entender a Gwen que no lo va a lograr. Tras los créditos, un hombre misterioso visita a Connors en prisión y le pregunta si Peter sabe la verdad sobre su padre. Connors dice que no. Eso vuelve más tarde.