História completa
O filme abre no passado. Richard Parker grava um vídeo explicando por que vai sumir da Oscorp e foge com Mary num jatinho. Um assassino a bordo ataca o casal, o avião cai e os dois morrem. No presente, Peter Parker se divide entre o Homem-Aranha e a vida normal. Ele para um caminhão roubado pelo bandido russo Aleksei Sytsevich e chega atrasado à própria formatura, onde Gwen Stacy faz o discurso. No caminho, salva Max Dillon, um engenheiro solitário da Oscorp que passa a idolatrar o herói. Peter continua vendo o fantasma do capitão Stacy e a promessa de ficar longe de Gwen. Os dois terminam. Gwen recebe uma bolsa para estudar em Oxford.
Harry Osborn, amigo de infância de Peter, volta para ver o pai, Norman, morrer de uma doença genética. Antes de morrer, Norman avisa que Harry vai ter o mesmo destino. Harry assume a Oscorp. Enquanto isso, Max sofre um acidente no laboratório, cai num tanque de enguias modificadas e vira uma criatura de pura eletricidade. Em Times Square, ele se sente ignorado pelo ídolo, causa um apagão e é preso no Instituto Ravencroft. Harry, desesperado, conclui que o sangue do Homem-Aranha pode salvá-lo. Peter, de máscara, recusa, com medo do que o sangue pode fazer. Harry se sente traído. Logo depois, o vice-presidente Donald Menken o tira da empresa com uma acusação falsa.
Harry liberta Max, agora Electro, em troca de ajuda para entrar na Oscorp. Lá dentro, ele se injeta com o veneno das aranhas modificadas. O corpo dele se deforma, e uma armadura especial o mantém de pé, mas ele vira um Duende. Peter, em paralelo, acha o laboratório secreto do pai numa estação de metrô abandonada e vê o vídeo do começo do filme: Richard fugiu porque se recusou a deixar Norman usar a pesquisa como arma. Peter e Gwen fazem as pazes e decidem ir juntos para a Inglaterra.
Electro derruba a energia da cidade inteira. Peter e Gwen o enfrentam numa usina e sobrecarregam o corpo dele até ele explodir. Harry chega, descobre que o Homem-Aranha é Peter e leva Gwen pelos ares até uma torre de relógio. Peter vence a luta, mas Gwen cai. A teia chega até ela um instante tarde demais, e ela morre. Peter enterra a namorada e abandona o uniforme por cinco meses.
Na prisão, Harry recebe a visita de um homem misterioso e fala em montar um time. Sytsevich ganha uma armadura de rinoceronte da Oscorp e ataca a cidade. Um garoto fantasiado de Homem-Aranha fica na frente dele. Peter assiste ao vídeo do discurso de Gwen, veste a máscara de novo e aparece para a briga. Os planos de Harry ficam em aberto.