Historia completa
La película abre en el pasado. Richard Parker graba un video explicando por qué desaparecerá de Oscorp y huye con Mary en un avión privado. Un asesino a bordo ataca a la pareja, el avión se estrella y los dos mueren. En el presente, Peter Parker se divide entre ser Spider-Man y su vida normal. Detiene un camión robado por el criminal ruso Aleksei Sytsevich y llega tarde a su propia graduación, donde Gwen Stacy da el discurso. En el camino salva a Max Dillon, un ingeniero solitario de Oscorp que empieza a idolatrar al héroe. Peter sigue viendo el fantasma del capitán Stacy y la promesa de alejarse de Gwen. Terminan. Gwen recibe una beca para estudiar en Oxford.
Harry Osborn, amigo de la infancia de Peter, regresa para ver morir a su padre, Norman, de una enfermedad genética. Antes de morir, Norman le advierte que tendrá el mismo destino. Harry se queda con Oscorp. Mientras tanto, Max sufre un accidente en el laboratorio, cae en un tanque de anguilas modificadas y se convierte en una criatura de pura electricidad. En Times Square se siente ignorado por su ídolo, provoca un apagón y termina preso en el Instituto Ravencroft. Harry, desesperado, concluye que la sangre de Spider-Man podría salvarlo. Peter, con máscara, se niega, con miedo de lo que esa sangre pueda causar. Harry se siente traicionado. Poco después, el vicepresidente Donald Menken lo saca de la empresa con una acusación falsa.
Harry libera a Max, ahora Electro, a cambio de ayuda para entrar a Oscorp. Adentro, se inyecta el veneno de las arañas modificadas. Su cuerpo se deforma y una armadura especial lo mantiene en pie, pero se convierte en un Duende. Peter, en paralelo, encuentra el laboratorio secreto de su padre en una estación de metro abandonada y ve el video del comienzo: Richard huyó porque se negó a que Norman usara su investigación como arma. Peter y Gwen se reconcilian y deciden irse juntos a Inglaterra.
Electro apaga toda la ciudad. Peter y Gwen lo enfrentan en una planta eléctrica y sobrecargan su cuerpo hasta que explota. Llega Harry, descubre que Spider-Man es Peter y se lleva a Gwen por los aires hasta una torre de reloj. Peter gana la pelea, pero Gwen cae. La telaraña la alcanza un instante demasiado tarde y ella muere. Peter entierra a su novia y abandona el traje por cinco meses.
En prisión, Harry recibe la visita de un hombre misterioso y habla de formar un equipo. Sytsevich recibe una armadura de rinoceronte de Oscorp y ataca la ciudad. Un niño disfrazado de Spider-Man se le planta enfrente. Peter ve el video del discurso de Gwen, vuelve a ponerse la máscara y aparece para pelear. Los planes de Harry quedan abiertos.