História completa
No México, Nick Fury e Maria Hill investigam uma tempestade estranha e conhecem Quentin Beck, um homem com poderes que derrota um monstro feito de terra. Em Nova York, a escola de Peter Parker refaz o ano letivo por causa dos alunos que voltaram do estalo. Peter ainda sofre com a morte de Tony Stark e só pensa na viagem de férias da turma pela Europa, onde quer se declarar para MJ. Happy avisa que Fury quer falar com ele. Peter ignora.
Em Veneza, um monstro de água ataca. Peter protege os colegas, e Beck acaba com a criatura. Fury encurrala Peter e entrega um presente de Tony: óculos que controlam EDITH, uma inteligência artificial com acesso aos satélites e drones armados da Stark. Beck diz que vem de outra Terra, destruída por quatro Elementais, e que o próximo, de fogo, vai atacar Praga. Peter recusa a missão, mas Fury muda o roteiro da turma para Praga mesmo assim. Lá, Peter ajuda Beck a vencer o Elemental de fogo. Em Berlim, Fury fala em montar uma nova equipe. Peter, achando que Beck merece mais, entrega o controle de EDITH a ele e vai embora.
É tudo mentira. Beck é um ex-funcionário da Stark, demitido por ser instável, e lidera um grupo de ex-funcionários ressentidos. Os Elementais são hologramas projetados por drones, e Beck quer usar EDITH para virar o grande herói do mundo, o Mystério. Em Praga, MJ encontra um pedaço de projetor nos destroços. Ela e Peter percebem a farsa. Peter vai a Berlim avisar Fury, mas cai numa sequência de ilusões montada por Beck, que tenta matá-lo e quase consegue: Peter acaba atropelado por um trem e acorda na Holanda.
Beck agora planeja um ataque gigante em Londres, com todos os Elementais juntos, e quer matar os amigos de Peter que sabem demais. Happy pega Peter com um jatinho, e Peter monta um traje novo no avião, como Tony fazia. Em Londres, ele usa o sentido aranha para atravessar as ilusões, derrota Beck e recupera EDITH. Beck morre atingido por um tiro de um dos próprios drones, mas antes manda um comparsa guardar os dados das gravações.
De volta a Nova York, Peter e MJ começam a namorar, e ele a leva para um passeio balançando entre os prédios. Na cena do meio dos créditos, J. Jonah Jameson exibe um vídeo editado em que Beck acusa o Homem-Aranha do ataque em Londres e revela ao mundo que ele é Peter Parker. Na cena final, Fury e Hill eram na verdade os Skrulls Talos e Soren disfarçados, e o Fury de verdade está numa nave Skrull no espaço. O que acontece com Peter depois fica em aberto.