Historia completa
En México, Nick Fury y Maria Hill investigan una tormenta extraña y conocen a Quentin Beck, un hombre con poderes que vence a un monstruo hecho de tierra. En Nueva York, la escuela de Peter Parker repite el año escolar por los alumnos que volvieron del chasquido. Peter aún sufre la muerte de Tony Stark y solo piensa en el viaje de vacaciones del grupo por Europa, donde quiere declararse a MJ. Happy le avisa que Fury quiere hablar con él. Peter lo ignora.
En Venecia ataca un monstruo de agua. Peter protege a sus compañeros, y Beck acaba con la criatura. Fury acorrala a Peter y le entrega un regalo de Tony: unos lentes que controlan a EDITH, una inteligencia artificial con acceso a los satélites y drones armados de Stark. Beck dice que viene de otra Tierra, destruida por cuatro Elementales, y que el siguiente, de fuego, atacará Praga. Peter rechaza la misión, pero Fury cambia la ruta del grupo a Praga de todos modos. Ahí, Peter ayuda a Beck a vencer al Elemental de fuego. En Berlín, Fury habla de formar un nuevo equipo. Peter, convencido de que Beck lo merece más, le entrega el control de EDITH y se va.
Todo es mentira. Beck es un exempleado de Stark, despedido por inestable, y lidera a un grupo de exempleados resentidos. Los Elementales son hologramas proyectados por drones, y Beck quiere usar a EDITH para ser el gran héroe del mundo, Mysterio. En Praga, MJ encuentra un pedazo de proyector entre los escombros. Ella y Peter descubren el engaño. Peter va a Berlín a avisar a Fury, pero cae en una cadena de ilusiones armada por Beck, que intenta matarlo y casi lo logra: Peter termina arrollado por un tren y despierta en Holanda.
Beck planea ahora un ataque gigante en Londres, con todos los Elementales juntos, y quiere matar a los amigos de Peter que saben demasiado. Happy recoge a Peter en un jet, y Peter arma un traje nuevo en el avión, como hacía Tony. En Londres usa su sentido arácnido para atravesar las ilusiones, vence a Beck y recupera a EDITH. Beck muere por un disparo de uno de sus propios drones, pero antes le pide a un cómplice guardar los datos de las grabaciones.
De vuelta en Nueva York, Peter y MJ empiezan a salir, y él la lleva a pasear columpiándose entre los edificios. En la escena de mitad de créditos, J. Jonah Jameson difunde un video editado en el que Beck acusa a Spider-Man del ataque en Londres y revela al mundo que es Peter Parker. En la escena final, Fury y Hill eran en realidad los Skrulls Talos y Soren disfrazados, y el verdadero Fury está en una nave Skrull en el espacio. Lo que le pasa a Peter después queda abierto.