História completa
A névoa terrígena se espalhou pelo mundo através de peixes contaminados, e novos Inumanos surgem sem saber o que está acontecendo com eles. Daisy Johnson, o novo nome de Skye, lidera a busca para encontrá-los e protegê-los, com Coulson de volta à ativa e uma mão mecânica no lugar da que perdeu. O médico Lincoln Campbell, Inumano que vem de Afterlife, entra para a equipe e se aproxima de Daisy. Dois problemas aparecem logo: a ATCU, uma força-tarefa do governo comandada por Rosalind Price, que também caça Inumanos, e Lash, um monstro que mata Inumanos um a um.
Fitz não desiste de Simmons. Ele descobre que o monólito era um portal e consegue resgatá-la de um planeta deserto e sombrio chamado Maveth. Lá ela passou meses ao lado do astronauta Will Daniels, preso ali havia anos. Ward, que agora comanda a Hydra, se une a Gideon Malick, um líder antigo da organização. A Hydra, na verdade, é um culto criado para trazer de volta uma criatura banida para Maveth há séculos. Coulson se envolve com Rosalind, mas Ward a mata com um tiro de longe.
A vingança vem rápido. Coulson e Fitz atravessam o portal até Maveth, e Coulson esmaga Ward com a mão mecânica. Mas a criatura, chamada Colmeia, aproveita: ela tinha possuído o corpo de Will, e agora volta à Terra dentro do corpo de Ward. Colmeia é um Inumano antigo que controla outros Inumanos e quer transformar a humanidade inteira. Lash se revela Andrew Garner, ex-marido de May, que ganhou poderes. Bobbi e Hunter são presos numa missão na Rússia e, para salvar a pele, precisam deixar a S.H.I.E.L.D. para sempre.
Colmeia captura Daisy e a deixa sob seu controle, apaixonada e leal. Ele planeja lançar um míssil com uma carga que transforma humanos em criaturas sem mente, os Primitivos, obedientes a ele. Lash liberta Daisy do controle e é morto logo depois. A equipe volta a se unir em torno de Daisy, que agora quer vingança.
No fim, a ogiva vai para o espaço dentro de um jato. Daisy tinha visto numa visão alguém morrendo no espaço com uma cruz no pescoço e achava que seria Coulson. É Lincoln, que entra no jato no lugar de Daisy e morre junto com Colmeia na explosão. Seis meses depois, Daisy deixou a S.H.I.E.L.D. e age sozinha como a justiceira Tremor. Coulson não é mais o diretor, e há um novo chefe no comando da agência.