História completa
Depois da Batalha de Nova York, Phil Coulson está vivo, para surpresa de quem viu sua morte em The Avengers. Ele diz que passou uns dias em recuperação no Taiti, num lugar mágico. Coulson monta uma pequena equipe a bordo do avião Ônibus: a piloto Melinda May, o agente de campo Grant Ward e os cientistas Fitz e Simmons. Logo entra Skye, uma hacker que vive numa van e faz parte de um grupo que quer expor a S.H.I.E.L.D. Ela vira consultora e, aos poucos, agente.
Os primeiros casos são de pessoas com poderes e tecnologia perigosa, quase sempre ligados ao Projeto Centopeia. O grupo mistura o soro Extremis, o soro do supersoldado e radiação gama para criar soldados. Mike Peterson, um pai desempregado, é uma das cobaias. Por trás da Centopeia está Raina, a mulher do vestido de flores, e um chefe misterioso chamado Vidente, que parece saber tudo. Skye busca pistas sobre os pais e descobre que chegou à S.H.I.E.L.D. ainda bebê como um objeto 0-8-4, de origem desconhecida.
As lacunas na memória de Coulson ficam cada vez mais estranhas. Ele descobre que ficou morto por dias e foi trazido de volta no projeto T.A.H.I.T.I., com uma droga tirada de um cadáver alienígena azul. As lembranças do Taiti eram falsas. Quando Skye leva dois tiros, Coulson usa a mesma droga para salvá-la, e as dúvidas só aumentam.
Aí vem a virada. Os eventos de Captain America: The Winter Soldier mostram que a Hydra estava escondida dentro da S.H.I.E.L.D., e a agência desmorona. Na equipe, o golpe é direto: Ward é da Hydra. Ele mata agentes, entre eles Victoria Hand, e se revela leal a John Garrett, um agente veterano que era o Vidente. Garrett está morrendo e quer a droga alienígena para se salvar. Sem agência, sem dinheiro e caçado pelo governo, o time de Coulson se esconde.
No fim, Ward joga Fitz e Simmons no fundo do mar dentro de uma cápsula, e Fitz sai do resgate em estado grave. Coulson, May e Skye enfrentam Garrett com a ajuda de Mike, agora Deathlok, e Coulson destrói Garrett. Nick Fury aparece e nomeia Coulson diretor de uma nova S.H.I.E.L.D., para reconstruir tudo do zero. Duas pontas ficam soltas: o pai de Skye, um homem violento, está à procura dela, e Coulson começa a rabiscar símbolos estranhos numa parede, como Garrett fazia.