Historia completa
Después de la Batalla de Nueva York, Phil Coulson está vivo, para sorpresa de quien vio su muerte en The Avengers. Él dice que pasó unos días recuperándose en Tahití, un lugar mágico. Coulson arma un pequeño equipo a bordo del avión Autobús: la piloto Melinda May, el agente de campo Grant Ward y los científicos Fitz y Simmons. Pronto se suma Skye, una hacker que vive en una camioneta y forma parte de un grupo que quiere exponer a S.H.I.E.L.D. Se vuelve consultora y, poco a poco, agente.
Los primeros casos son de personas con poderes y tecnología peligrosa, casi siempre ligados al Proyecto Ciempiés. El grupo mezcla el suero Extremis, el suero del supersoldado y radiación gamma para crear soldados. Mike Peterson, un padre desempleado, es uno de sus sujetos. Detrás de Ciempiés están Raina, la mujer del vestido de flores, y un jefe misterioso llamado el Clarividente, que parece saberlo todo. Skye busca pistas sobre sus padres y descubre que llegó a S.H.I.E.L.D. de bebé como un objeto 0-8-4, de origen desconocido.
Los huecos en la memoria de Coulson se vuelven cada vez más raros. Descubre que estuvo muerto varios días y que lo revivieron en el proyecto T.A.H.I.T.I., con una droga sacada de un cadáver alienígena azul. Sus recuerdos de Tahití eran falsos. Cuando Skye recibe dos disparos, Coulson usa la misma droga para salvarla, y las dudas crecen.
Luego llega el giro. Los eventos de Captain America: The Winter Soldier revelan que Hydra estaba escondida dentro de S.H.I.E.L.D., y la agencia se derrumba. En el equipo, el golpe es directo: Ward es de Hydra. Mata agentes, entre ellos a Victoria Hand, y se revela leal a John Garrett, un agente veterano que era el Clarividente. Garrett se está muriendo y quiere la droga alienígena para salvarse. Sin agencia, sin dinero y perseguido por el gobierno, el equipo de Coulson se esconde.
Al final, Ward arroja a Fitz y Simmons al fondo del mar dentro de una cápsula, y Fitz sale del rescate en estado grave. Coulson, May y Skye enfrentan a Garrett con ayuda de Mike, ahora Deathlok, y Coulson destruye a Garrett. Nick Fury aparece y nombra a Coulson director de una nueva S.H.I.E.L.D., para reconstruirla desde cero. Quedan dos cabos sueltos: el padre de Skye, un hombre violento, la está buscando, y Coulson empieza a grabar símbolos extraños en una pared, como hacía Garrett.