Historia completa
La segunda temporada empieza justo después de la primera. Sylvie mató a El que Permanece, y la línea temporal sagrada empezó a ramificarse sin control. Loki vuelve a la AVT y descubre que está deslizándose en el tiempo, saltando entre pasado, presente y futuro sin querer. Con ayuda de Mobius y de O.B., el técnico que conoce la agencia como nadie, entiende el problema: el Telar Temporal, la máquina que procesa todas las líneas temporales, está sobrecargado y va a estallar.
Mientras la AVT intenta reparar el Telar, Loki y Mobius buscan a Sylvie. La encuentran en 1982, en Oklahoma, trabajando en un restaurante de comida rápida y tratando de llevar una vida normal. Al mismo tiempo, Renslayer y la Señorita Minutos actúan por su cuenta, y un general de la AVT decide destruir por la fuerza las líneas ramificadas, borrando miles de millones de vidas. Loki, Mobius y Sylvie tienen que volver a trabajar juntos.
La pista los lleva a Chicago, a la Feria Mundial de 1893, y a Victor Timely, un inventor charlatán que es una variante de El que Permanece. Timely inventó una versión primitiva del Telar, y la AVT lo necesita para salvar la máquina. Todos quieren al tipo: Renslayer quiere usarlo, Sylvie quiere matarlo y Loki quiere protegerlo. El equipo lleva a Timely a la AVT, pero el intento de reparar el Telar sale mal, Timely muere y la máquina estalla.
Con la explosión, los amigos de Loki despiertan dispersos en las líneas temporales, de vuelta a las vidas que tenían antes de la agencia. Mobius vende motos acuáticas, B-15 es médica y O.B. es profesor de física. Loki aprende a controlar sus saltos en el tiempo y vuelve una y otra vez al momento del desastre, probando todas las soluciones posibles. Ninguna funciona. Llega a hablar con El que Permanece, que le ofrece una salida: matar a Sylvie y devolver todo a la línea sagrada.
Loki se niega. Entiende que el problema es el propio Telar y decide destruirlo. Luego camina hasta el Fin de los Tiempos, sostiene con magia las líneas que estaban muriendo y las organiza en forma de árbol, Yggdrasil. Loki ocupa el trono y pasa a sostener el multiverso solo, para siempre. Mobius y Sylvie siguen con sus vidas, y la AVT sigue vigilando a las otras variantes de El que Permanece.