História completa
A segunda temporada começa logo após a primeira. Sylvie matou Aquele Que Permanece, e a linha do tempo sagrada começou a se ramificar sem controle. Loki volta à AVT e descobre que está escorregando no tempo, pulando entre passado, presente e futuro sem querer. Com a ajuda de Mobius e de O.B., o técnico que conhece a agência como ninguém, ele entende o problema: o Tear Temporal, a máquina que processa todas as linhas do tempo, está sobrecarregado e vai explodir.
Enquanto a AVT tenta consertar o Tear, Loki e Mobius vão atrás de Sylvie. Eles a encontram em 1982, em Oklahoma, trabalhando numa lanchonete e tentando ter uma vida normal. Ao mesmo tempo, Renslayer e a Senhorita Minutos agem por conta própria, e um general da AVT decide destruir à força as linhas ramificadas, apagando bilhões de vidas. Loki, Mobius e Sylvie precisam trabalhar juntos de novo.
A pista leva a Chicago, na Feira Mundial de 1893, e a Victor Timely, um inventor charlatão que é uma variante de Aquele Que Permanece. Timely inventou uma versão primitiva do Tear, e a AVT precisa dele para salvar a máquina. Todo mundo quer o sujeito: Renslayer quer usá-lo, Sylvie quer matá-lo e Loki quer protegê-lo. A equipe leva Timely até a AVT, mas a tentativa de consertar o Tear dá errado, Timely morre e a máquina explode.
Com a explosão, os amigos de Loki acordam espalhados nas linhas do tempo, de volta às vidas que tinham antes da agência. Mobius vende jet skis, B-15 é médica e O.B. é professor de física. Loki aprende a controlar o escorregão no tempo e volta várias vezes ao momento do desastre, tentando todas as soluções possíveis. Nenhuma funciona. Ele chega a conversar com Aquele Que Permanece, que oferece uma saída: matar Sylvie e devolver tudo à linha sagrada.
Loki recusa. Ele entende que o problema é o próprio Tear e decide destruí-lo. Em seguida, caminha até o Fim dos Tempos, segura com magia as linhas que estavam morrendo e as organiza na forma de uma árvore, a Yggdrasil. Loki ocupa o trono e passa a sustentar o multiverso sozinho, para sempre. Mobius e Sylvie seguem com suas vidas, e a AVT continua de olho nas outras variantes de Aquele Que Permanece.