História completa
No antigo Egito, o mutante En Sabah Nur governa como um deus. Durante um ritual para passar a mente dele a um novo corpo, que tem fator de cura, um grupo de rebeldes derruba a pirâmide. Os quatro seguidores dele, os Cavaleiros, morrem, e ele fica soterrado e adormecido por milênios.
Em 1983, a agente da CIA Moira MacTaggert investiga um culto no Cairo e, sem querer, desperta En Sabah Nur, que passa a ser chamado de Apocalipse. Ele se assusta com o mundo moderno e decide destruí-lo para começar de novo. Recruta novos Cavaleiros e aumenta o poder deles: a jovem ladra Ororo Munroe, a lutadora Psylocke e Anjo, que ganha asas de metal. Enquanto isso, na escola de Xavier, chega Scott Summers, irmão de Alex, que acaba de descobrir os raios nos olhos. Ele conhece Jean Grey, que tem pesadelos com um poder destrutivo dentro dela. Mística, agora heroína para muitos jovens mutantes, resgata Kurt Wagner de um ringue clandestino em Berlim.
Na Polônia, Erik vive escondido com mulher e filha. Ele usa os poderes para salvar um colega numa fábrica e é descoberto. A polícia mata a família dele sem querer, e Erik mata os policiais. Apocalipse o encontra no fundo do poço, o leva a Auschwitz e mostra o tamanho do poder dele. Erik vira o quarto Cavaleiro.
Quando Xavier usa o Cerebro para achar Erik, Apocalipse invade a mente dele e faz todas as potências disparar os mísseis nucleares para o espaço. Os Cavaleiros sequestram Xavier. Alex tenta reagir e a mansão explode. Peter Maximoff chega a tempo de salvar todos com a sua velocidade, menos Alex. O coronel William Stryker leva Mística, Hank, Moira e Peter para o lago Alkali. Scott, Jean e Kurt vão atrás e, ali, Jean liberta o Arma X, um Logan sem memória, que destrói a base antes de fugir para a mata.
Erik altera o campo magnético da Terra e começa a desmanchar cidades. No Cairo, Apocalipse inicia a troca de corpo com Xavier, que perde o cabelo no processo. Os X-Men chegam e lutam. Anjo morre na queda de um avião. Mística convence Erik a mudar de lado, e Ororo também se volta contra o mestre. Xavier enfrenta Apocalipse dentro da mente e pede que Jean solte tudo. Jean libera o poder de fogo que guardava e reduz Apocalipse a pó. Erik e Jean reconstroem a mansão, e Xavier devolve a memória a Moira. Erik vai embora. Mística e Hank passam a treinar uma nova equipe. Depois dos créditos, homens recolhem o sangue do Arma X numa maleta da Essex Corp. Isso fica em aberto.