Historia completa
En el antiguo Egipto, el mutante En Sabah Nur gobierna como un dios. Durante un ritual para pasar su mente a un cuerpo nuevo, con factor de curación, un grupo de rebeldes derrumba la pirámide. Sus cuatro seguidores, los Jinetes, mueren, y él queda sepultado y dormido durante milenios.
En 1983, la agente de la CIA Moira MacTaggert investiga un culto en El Cairo y, sin querer, despierta a En Sabah Nur, al que llaman Apocalipsis. Le espanta el mundo moderno y decide destruirlo para empezar de nuevo. Recluta nuevos Jinetes y aumenta sus poderes: la joven ladrona Ororo Munroe, la peleadora Psylocke y Ángel, que recibe alas de metal. Mientras tanto, a la escuela de Xavier llega Scott Summers, hermano de Alex, que acaba de descubrir los rayos de sus ojos. Conoce a Jean Grey, que tiene pesadillas con un poder destructivo dentro de ella. Mística, ahora heroína para muchos jóvenes mutantes, rescata a Kurt Wagner de un ring clandestino en Berlín.
En Polonia, Erik vive escondido con su esposa y su hija. Usa sus poderes para salvar a un compañero en una fábrica y lo descubren. La policía mata a su familia por accidente, y Erik mata a los policías. Apocalipsis lo encuentra en lo más hondo, lo lleva a Auschwitz y le muestra el alcance de su poder. Erik se convierte en el cuarto Jinete.
Cuando Xavier usa Cerebro para encontrar a Erik, Apocalipsis entra en su mente y hace que todas las potencias lancen sus misiles nucleares al espacio. Los Jinetes secuestran a Xavier. Alex intenta reaccionar y la mansión explota. Peter Maximoff llega a tiempo y salva a todos con su velocidad, menos a Alex. El coronel William Stryker se lleva a Mística, Hank, Moira y Peter al lago Alkali. Scott, Jean y Kurt van tras ellos y, allí, Jean libera al Arma X, un Logan sin memoria, que destruye la base antes de huir al bosque.
Erik altera el campo magnético de la Tierra y empieza a deshacer ciudades. En El Cairo, Apocalipsis inicia el cambio de cuerpo con Xavier, que pierde el cabello en el proceso. Llegan los X-Men y pelean. Ángel muere en la caída de un avión. Mística convence a Erik de cambiar de bando, y Ororo también se vuelve contra su amo. Xavier enfrenta a Apocalipsis dentro de su mente y le pide a Jean que lo suelte todo. Jean libera el poder de fuego que guardaba y reduce a Apocalipsis a polvo. Erik y Jean reconstruyen la mansión, y Xavier le devuelve la memoria a Moira. Erik se va. Mística y Hank empiezan a entrenar a un nuevo equipo. Tras los créditos, unos hombres guardan la sangre del Arma X en un maletín de Essex Corp. Eso queda abierto.