História completa
Em agosto de 1945, Logan está preso num campo de prisioneiros perto de Nagasaki quando a bomba atômica cai. Ele salva um jovem oficial japonês, Ichirō Yashida, cobrindo-o com o próprio corpo dentro de um poço. Décadas depois, Logan vive isolado nas montanhas do Yukon, atormentado por sonhos com Jean Grey, que ele foi obrigado a matar. Uma jovem mutante chamada Yukio, que enxerga mortes antes de acontecerem, o encontra e o leva a Tóquio. Yashida, agora um bilionário da tecnologia à beira da morte, quer se despedir. Na verdade, quer mais: oferece tirar o fator de cura de Logan e dar a ele uma vida mortal, o que Logan sempre disse desejar. Logan recusa. Naquela noite, a médica de Yashida, a Dra. Green, coloca algo dentro dele enquanto ele dorme. Pela manhã, Yashida está morto.
No funeral, a yakuza tenta sequestrar Mariko, neta de Yashida. Logan a protege, mas percebe que está sangrando e não se cura. A fuga passa por uma luta no teto do trem-bala e termina na antiga casa de Yashida em Nagasaki, onde Logan e Mariko se apaixonam. Mariko é levada de novo. Logan descobre que o avô deixou o império inteiro para ela, e não para o filho, Shingen, que armou o sequestro junto com o noivo dela, um ministro corrupto.
Yukio tem uma visão de Logan morrendo. Ele faz um raio X e encontra um parasita robótico preso ao coração, bloqueando o fator de cura. Logan o arranca sozinho, em plena luta contra Shingen, e mata Shingen com as garras. A pista leva à aldeia natal de Yashida, onde ninjas comandados por Harada, antigo amigo de Mariko, capturam Logan e o prendem numa máquina da Dra. Green, uma mutante chamada Víbora.
Lá aparece o Samurai de Prata, uma armadura gigante com espadas de adamantium. Harada percebe que serviu ao lado errado e morre ajudando Logan. Yukio mata Víbora. O Samurai corta as garras de Logan e começa a sugar o fator de cura. Dentro da armadura está Yashida, que fingiu a própria morte e rejuvenesce a cada segundo. Mariko enfia nele as garras cortadas, as garras de osso de Logan voltam a crescer, e ele joga Yashida do alto. Logan se despede do fantasma de Jean e de Mariko, que assume a empresa, e parte com Yukio.
Na cena no meio dos créditos, dois anos depois, Logan passa por um aeroporto nos EUA. Magneto aparece, com poderes de volta, e avisa que os humanos preparam uma arma contra os mutantes. Logo atrás surge Charles Xavier, vivo. O que vem depois fica em aberto.