Historia completa
En agosto de 1945, Logan está preso en un campo de prisioneros cerca de Nagasaki cuando cae la bomba atómica. Salva a un joven oficial japonés, Ichirō Yashida, cubriéndolo con su propio cuerpo dentro de un pozo. Décadas después, Logan vive aislado en las montañas del Yukón, atormentado por sueños con Jean Grey, a quien tuvo que matar. Una joven mutante llamada Yukio, que ve muertes antes de que ocurran, lo encuentra y lo lleva a Tokio. Yashida, ahora un multimillonario de la tecnología a punto de morir, quiere despedirse. En realidad quiere más: le ofrece quitarle el factor de curación y darle una vida mortal, algo que Logan siempre dijo desear. Logan se niega. Esa noche, la médica de Yashida, la Dra. Green, le coloca algo mientras duerme. A la mañana, Yashida está muerto.
En el funeral, la yakuza intenta secuestrar a Mariko, la nieta de Yashida. Logan la protege, pero nota que sangra y no se cura. La fuga incluye una pelea sobre el techo del tren bala y termina en la vieja casa de Yashida en Nagasaki, donde Logan y Mariko se enamoran. Mariko es raptada otra vez. Logan descubre que el abuelo le dejó todo el imperio a ella, y no a su hijo, Shingen, que planeó el secuestro junto con el prometido de ella, un ministro corrupto.
Yukio tiene una visión de Logan muriendo. Él se hace una radiografía y encuentra un parásito robótico pegado al corazón, bloqueando su curación. Logan se lo arranca solo, en plena pelea contra Shingen, y mata a Shingen con sus garras. La pista lleva a la aldea natal de Yashida, donde ninjas al mando de Harada, viejo amigo de Mariko, capturan a Logan y lo meten en una máquina de la Dra. Green, una mutante llamada Viper.
Allí aparece el Samurái de Plata, una armadura gigante con espadas de adamantium. Harada entiende que sirvió al bando equivocado y muere ayudando a Logan. Yukio mata a Viper. El Samurái le corta las garras a Logan y empieza a extraerle la curación. Dentro de la armadura está Yashida, que fingió su muerte y rejuvenece a cada segundo. Mariko le clava las garras cortadas, las garras de hueso de Logan vuelven a crecer y él lanza a Yashida al vacío. Logan se despide del fantasma de Jean y de Mariko, que queda al frente de la empresa, y se va con Yukio.
En la escena a mitad de los créditos, dos años después, Logan pasa por un aeropuerto en EE. UU. Aparece Magneto, con sus poderes de vuelta, y le advierte que los humanos preparan un arma contra los mutantes. Detrás surge Charles Xavier, vivo. Lo que sigue queda abierto.