Historia completa
La primera temporada arranca un año después de que el Profesor Xavier se fuera con los Shi'ar. Cíclope lidera a los X-Men, Jean Grey está embarazada y la pareja piensa dejar el equipo. Entonces llega la sorpresa: Xavier dejó la escuela y a los X-Men en manos de Magneto. Él intenta demostrar que cambió, enfrenta un juicio en la ONU y no encaja con el grupo. Jean da a luz a Nathan, Tormenta pierde sus poderes en un ataque y aparece una segunda Jean. La que dio a luz es Madelyne Pryor, un clon creado por Siniestro. El bebé queda infectado con un virus tecno-orgánico, y Madelyne y Cíclope le entregan a Nathan a Bishop para que lo traten en el futuro.
La mitad de la temporada lo cambia todo. Magneto, Pícara y Gambito van a Genosha, la nación mutante. Un Centinela gigante, el Molde Maestro, ataca la isla y mata a miles. Gambito muere destruyendo la máquina. Tormenta recupera sus poderes en un duelo contra el Adversario, y Xavier vuelve a la Tierra. Detrás de la masacre está Bastion, un hombre mitad máquina que convierte a personas comunes en Centinelas Prime. Magneto responde con un pulso magnético que apaga las máquinas y mata a miles de humanos. Después le arranca el adamantium a Wolverine.
Al final de la T1, Jean despierta el poder del Fénix y derrota a Bastion. El Asteroide M cae hacia la Tierra y los X-Men lo frenan por dentro y por fuera, mientras Xavier entra en la mente de Magneto para recuperar a su amigo. Seis meses después, Bishop explica que los X-Men no se perdieron en el espacio sino en el tiempo: Cíclope y Jean en un futuro lejano, con la Madre Askani y Nathan, y Xavier, Magneto, Bestia, Pícara y Rondador Nocturno en el antiguo Egipto, frente al joven En Sabah Nur.
La segunda temporada es la guerra contra Apocalipsis. En el futuro, Nathan empieza a convertirse en Cable. En Egipto, los X-Men ven nacer a Apocalipsis, y el faraón Rama-Tut resulta ser Kang. Casi todos vuelven a casa, pero Apocalipsis mata a Magneto frente a Xavier. En el presente, Cable forma X-Force con Psylocke, Arcángel, Júbilo y Sunspot, y Valerie Cooper dirige X-Factor, un equipo del gobierno. Wolverine se enfrenta a un nido de la Prole en una base del Arma X, el Cuarto de Peligro cobra conciencia y Rondador Nocturno termina defendiendo al político antimutante Graydon Creed, secuestrado por los Acólitos en la Tierra Salvaje.
Apocalipsis revive a Gambito como su Jinete. En el final, Cable le dispara a Gambito y libera la conciencia de Apocalipsis, que domina a los mutantes. Pícara llega con poderes celestiales que le dio Eson, salva a todos y encierra a Apocalipsis en un cristal. Gambito vive, pero Rondador Nocturno entregó su vida a Eson. En la escena poscréditos, Mística mata a Cooper y toma su lugar, y Creed llega a presidente.