Resumen para recordar
Después de la primera película, Mewtwo lleva a los clones a vivir escondidos en el Monte Quena, en Johto. Giovanni descubre dónde están y ataca con el Equipo Rocket, incluida la agente Domino, que se infiltra disfrazada. Ash, Misty y Brock, que pasaban por la región, quedan en medio de la operación. Giovanni captura a la mayoría de los clones, y Mewtwo se entrega para protegerlos, quedando bajo el control de las máquinas. Ash lleva a Mewtwo, debilitado, hasta el manantial sagrado de la montaña, cuya agua lo cura. Recuperado, Mewtwo libera a los clones, derrota a Giovanni y borra la memoria de los involucrados para mantener el refugio en secreto antes de irse.

