Historia completa
Con Fisk preso, Hell's Kitchen vive una guerra de pandillas, y alguien está resolviendo el problema de la forma más violenta posible. Pandillas completas aparecen muertas, y la prensa llama al tirador el Punisher. Es Frank Castle, exmarine cuya esposa e hijos murieron en un tiroteo entre pandillas en Central Park. Matt enfrenta a Frank en una azotea y termina encadenado, escuchando cómo el otro defiende que matar es la única salida. La pregunta queda flotando toda la temporada: ¿cuál es la diferencia entre los dos?
Frank es arrestado, y el despacho Nelson & Murdock asume su defensa en un juicio que se vuelve circo. Karen investiga a la familia de Frank y descubre que la fiscal Samantha Reyes sabía del tiroteo y lo encubrió. Al mismo tiempo, reaparece Elektra Natchios, la exnovia rica y peligrosa de Matt de la universidad. Ella lo arrastra a una investigación sobre Roxxon y la Yakuza, y Matt pasa las noches con ella, faltando al trabajo y al juicio.
Detrás de la Yakuza está La Mano, la organización antigua contra la que pelea Stick. Nobu, que parecía muerto, está de vuelta. La Mano cava un agujero enorme en el barrio y mantiene a jóvenes encerrados en una especie de granja, drenándoles la sangre. Elektra mata para resolver las cosas, y Matt no lo acepta. En el tribunal, Frank sabotea su propia defensa y va a prisión. Ahí, Fisk lo usa para matar a un rival y luego lo ayuda a escapar. El despacho se derrumba: Foggy y Matt pelean, Karen se aleja y la sociedad termina.
Frank descubre que el responsable del tiroteo que mató a su familia fue un hombre llamado Blacksmith, que controla el tráfico de heroína. Reyes es asesinada. Frank llega a Blacksmith, el coronel Schoonover, su antiguo comandante en el ejército, y lo mata. Mientras tanto, Nobu revela que Elektra es el Cielo Negro, un arma viviente que La Mano venera. Stick intenta matarla, pero Matt lo impide.
En la azotea final, Matt y Elektra pelean juntos contra La Mano. Frank aparece con un rifle y los salva. Elektra se interpone frente a Matt y Nobu la mata. Matt le revela a Karen que es Daredevil. Foggy se va a trabajar con Jeri Hogarth, y Karen se vuelve reportera. Frank quema su propia casa y asume para siempre el nombre de Punisher, con un disco misterioso en las manos. En la última escena, La Mano desentierra el cuerpo de Elektra y lo coloca en un sarcófago antiguo.